驻厂式管理咨询的操作流程总结为三大块
全面调研诊断（把脉）
企业诊断如同医生对病人患者的身心诊断。医生对患者身心的诊断，其目的在于维护病人身体和心理的健康；而企业诊断，则在于维护企业管理经营的稳定、健康和发展。在企业界，这种诊断程序和医学上医师诊断患者之程序基本相同，贤明的企业经营者很重视咨询顾问对企业的初步诊断和检查。至于选择何种专家做进一步的诊断和治疗，乃是以“患者”所呈现的症状而定。
企业诊断是针对企业的病态，分析原因，指出病情，建议改进，力求企业今后的健康生存与继续壮大发展。只有对企业进行了全方位的诊断了解，才能制定出符合企业现状的改革实施方案。否则可能文不对题，货不对板，药不对医。轻则延误病情，重则伤筋动骨，甚至有生命危险。
2、改善方案的设计与实施落地（治疗）
多数企业通过调研诊断之后，发现各种问题，错综复杂。说大点是组织缺失、流程缺失、文化缺失。说细点是经营计划与预算体系不健全、人力资源板块不健全、生产运作体系不健全、质量控制体系不健全、成本控制体系不健全、供应链控制体系不健全等等，这不全，那不全。这么多问题，这么多毛病，肯定不可能一针见效，一个方案解决所有问题，所以驻厂式管理咨询公司会派驻1-3名咨询师全日制的住在企业，选取切入点，从一个重要的点开始，一点点的用独特的管理工具及方法来给解决修正这些问题，最终由点及面，形成全面符合企业自身环境的经营管理运作体系。
有人问，为什么要驻厂？这个问题就像病人问医生为什么要住院一样。驻厂的目的是为了对整个改革的进程、方案实施的效果进行跟进，及时调整及解决过程中发生的各种异常问题，快速掌握及准备下一步的动作。并在这个过程中训练企业的各阶层管理人员养成职业化素养。保障企业改革的效果稳固、持久。
3、企业经营状况的持续跟进（观察）
企业的发展是持续的，那么问题存在也是持续的，在当前的问题全部解决后，企业的经营管理水平上升到另一个层次的时候，就会存在另一个层次上的各种问题，所以驻厂咨询的持续跟进就非常有必要。跟进企业团队的成长是否稳固，跟进企业形成的新的有效管理模式是否稳固与持续传承，跟进企业在新的发展通道上，面临的各类管理问题。这也是一些世界五百强的企业，常年和大量的管理咨询公司保持合作的根源。他们需要持续跟进。
驻厂式企业管理咨询对企业什么价值呢？驻厂式管理咨询公司以客观的态度，了解状况，判别病情，探求病理，促使企业生理回复、促进活力，并提出各种可行的改善建议。
1、专业研判问题，准确找到症结
对企业而言，往往从企业内部难以全面和准确的发现问题，因此要求助于具有较高专业素质的管理咨询师。管理咨询师提供的外部审视的价值既表现在用新的思维方式、新的观点去观察企业的现状，分析其存在的问题及原因，也表现在以科学态度和创新精神，去设计切实可行又有所突破的方案。
2、地位公正独立，科学公允客观
管理咨询师在咨询的过程中服务于企业发展的最高目标，保持一定的独立性，管理咨询师所从事的工作不为企业领导人的意见或企业员工的情绪所左右，他们根据调查研究、科学分析得出的结论，不因外部的干扰而轻易的改变，管理咨询师独立地思考工作方法，贯穿于整个咨询过程。
3、过程紧密配合，促进技能提升
管理咨询师可以增强企业解决问题的能力。管理咨询师有自己发现和解决问题的方法和框架，企业各层级管理人员在与管理咨询师的交流与实战的过程中，能够得到这些方法，这有助于这些管理人员思维能力的提高，所谓“授人以鱼，不如授人以渔”，通过驻厂式管理咨询过程的知识传递和转移，企业能够培养解决问题的能力，以后遇到类似的问题，可以自己独立的解决。
4、团队集体作战，聚焦解决问题
驻厂式管理咨询公司派驻企业1-3名管理咨询师服务于企业，但对企业的整体改善思路与项目运作方案，以及咨询过程中面临的企业各种疑难杂症，驻厂式咨询公司会调动公司几十上百人的咨询团队来进行策划运作，集思广益，找出解决问题的最佳措施。