截至年7月，巴音郭楞蒙古自治州下辖1个县级市、7个县、1个自治县，州府设在库尔勒市。
县级市
1.库尔勒市
库尔勒市，是新疆巴音郭楞蒙古自治州的地级行政区首府，位于新疆中部、天山南麓，是古丝绸之路中道的咽喉之地和西域文化的发源地之一。
库尔勒是南北疆重要的交通枢纽和物资集散地，也是该地区重要的政治、经济、文化中心，面积平方公里。
县
2.轮台县
“轮台”维吾尔语“雕鹰”之意。轮台县地处新疆巴音郭楞蒙古自治州西部、天山南麓、塔里木盆地北缘，是古西域都护府所在地，轮台县总面积平方公里。
3.尉犁县
尉犁又名“罗布淖尔”，源于“罗布泊”而得名，意为“水草丰腴的湖泊”。位于新疆中部，巴音郭楞蒙古自治州腹地，总面积5.97万平方公里。
国道线横贯全县，是南疆的重要交通枢纽之一，矿产资源、旅游资源特别丰富，有库尔勒的“后花园”之称。
4.若羌县
若羌县，新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州辖县，地处巴州东南部，塔克拉玛干沙漠东南缘，是全国辖区总面积最大的县，面积20.23万平方千米。
若羌县自古以来就是内地通往中亚和新疆通往内地的第二条战略通道，也曾是古“丝绸之路”的必经要道。
5.且末县
且末县位于新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州南部，总面积为平方公里，面积仅次于若羌县，为中国面积第二大县。
6.和静县
和静县，隶属于新疆巴音郭楞蒙古自治州，位于新疆中部，是巴音郭楞蒙古自治州的人口大县。
和静地缘优势突出，地处新疆心脏地带，周边与乌鲁木齐、昌吉、伊犁、阿克苏、吐鲁番等地区15个县市相邻，是世界上与周边接壤县市最多的县，是连接南北疆的交通要道，区域交通条件优越，南疆铁路横贯南北。
7.和硕县
和硕县，隶属于新疆巴音郭楞蒙古自治州，名称来源于和硕特蒙古。位于新疆维吾尔自治区中部，面积.83平方公里。年1月22日，被住房和城乡建设部命名为国家园林县城。
8.博湖县
博湖县，是新疆巴音郭楞蒙古自治州下辖县，位于新疆维吾尔自治区中部，因境内有全国最大的内陆淡水湖——博斯腾湖而得名。
博湖县水草丰美，资源丰富，气候温和湿润，土地平坦肥沃，宜农宜牧，被誉为鱼肥、草茂、粮多的“塞外江南”。
自治县
9.焉耆回族自治县
焉耆回族自治县位于天山南麓焉耆盆地腹心，地处南北疆交通要道，全县行政总面积.88平方公里。
焉耆是南北疆重要的物资集散地之一，是相邻的和静、和硕、博湖等县和兵团农二师八个团场的商贸中心。